貨位安頓辦法一般有橫列式、縱列式和混合式三種。所謂橫列式，就是貨垛或藥品貨架與倉庫的寬平行。若貨垛或藥品貨架與倉庫的寬筆直擺放，就是縱列式。兩者皆有，則為混合式。
貨位的長和寬要與倉庫的長寬成可約的倍數，以便進步倉庫面積使用率。這種安頓辦法有利于庫內通風和物資進出庫，較好地使用天然采光，但這種辦法支道多，面積使用率低，特別是選用叉車作業時，這種貨位安頓使叉車須進行直角轉彎，操作不方便，并需求足夠寬的通道，削減了儲存面積。因此當選用托盤儲存結合叉車作業時，可選用不同的安頓形式。
保管品種多而出入庫頻頻時，托盤盡可能緊靠通道，削減通道寬度和縮短叉車行走距離。假如藥品種多且每個品種數量較大，亦可在通道每側堆存兩列或更多列的托盤，以節省儲存面積。藥店藥品貨架倉庫縱向兩端的托盤可用橫向擺放(與裝卸線平行)，庫內之間的托盤采納縱向擺放，能夠保證托盤堆垛穩固，防止一個貨位兩端一起作業，以策安全。
倉庫通常將藥品分為藥品、器械、輔料、試劑四大類。這四大類醫藥產品中需求特別保管條件的藥品應單獨分出，以便存放于各自專設的倉庫區，如需冷藏、防凍、控濕及危險品、特別藥品、寶貴藥品等。藥品按照劑型分類，如粉、片、針、酊、水等；器械按制作資料的性質分類，如金屬、玻璃、琺瑯、塑料、橡膠等。
每一類醫藥產品要規則一致的擺放次序，如藥品一般先按藥物學上的用途擺放，同種用途的再按拉丁名稱字母次序擺放，同種藥品按批號先后擺放等。器械按醫療器械目錄或醫療器械的樣本編號擺放。但這種擺放次序只是一般性的。詳細擺放貨位時，還要考慮藥品的數量、性質、垛位條件、倉庫面積等因素。
